بعد ظهر يوم الجمعة 5 تمّوز 2013، شارك غبطة أبينا البطريرك مار اغناطيوس يوسف الثالث يونان بطريرك السريان الأنطاكي الكلي الطوبى، في جلسة المدافعة عن الأطروحة التي قدّمها الشماس أفرام اسحق في كلية الليتورجيا في جامعة الروح القدس ـ الكسليك ـ كسروان.

مساء يوم الخميس 4 تمّوز 2013، شارك غبطة أبينا البطريرك مار اغناطيوس يوسف الثالث يونان بطريرك السريان الأنطاكي الكلي الطوبى، في حفل العشاء السنوي الذي دعت إليه وأقامته اللجنة الأسقفية لشؤون العائلة في مجلس البطاركة والأساقفة الكاثوليك في لبنان، يرافقه الأب أفرام سمعان أمين السر، وذلك في كازينو لبنان ـ جونيه ـ كسروان.

يوم الجمعة 27 حزيران 2013، وبمحبة أبوية، قصد سيادة المطران مار ثيوفيلوس جورج كسّاب رئيس أساقفة حمص وحماة والنبك للسريان الكاثوليك، مدينة القامشلي، حيث ترأس الذبيحة الإلهية التي أقيمت على مذبح كنيسة مار بطرس وبولس للسريان الكاثوليك في القامشلي، راحةً لنفس الأب الراهب الشهيد فرانسوا مراد، بحضور الآباء كهنة القامشلي من كلّ الكنائس وجموع غفيرة من المؤمنين.

تلقّى غبطة أبينا البطريرك مار اغناطيوس يوسف الثالث يونان بطريرك السريان الأنطاكي الكلي الطوبى، بألم وأسف وحزن نبأ استشهاد الأب الراهب فرانسوا مراد رئيس رهبانية ودير مار سمعان العامودي في قرية الغسّانية ـ سوريا، والتابع لأبرشية الحسكة ونصيبين للسريان الكاثوليك، الذي استشهد فجر يوم الأحد 23 حزيران 2013، على يد مجموعة من الإرهابيين المتطرّفين بطريقة وحشية.

"سيّدنا، نحن في خطر... ومهما فعلوا، فلن يتمكّنوا من إيماننا المبني على صخرة المسيح... وتأكّد إنني سأقدّم حياتي بكلّ طيب خاطر من أجل خير الكنيسة والسلام في العالم، وخصوصاً من أجل بلدنا الحبيب سوريا". قبل أربعة أشهر فقط من استشهاده، كتب الراهب الفرنسيسكاني الأب فرنسوا مراد هذه الكلمات، موجّهاً إيّاها إلى رئيسه الكنسي المباشر راعي أبرشية الحسكة ونصيبين للسريان الكاثوليك سيادة المطران مار يعقوب بهنان هندو.

فجر يوم الأحد 23 حزيران 2013، قدّم الأب الراهب فرانسوا مراد رئيس ومؤسّس رهبانية مار سمعان العامودي، حياته ذبيحة شهادة على مذبح الكنيسة والوطن، فاستشهد في ديره، دير مار سمعان العامودي في قرية الغسانية ـ سوريا، في ظروف وحشيّة وغامضة، على يد مجموعة من الإسلاميين المتطرّفين، والأب فرانسوا يتبع إدارياً أبرشيتنا السريانية الكاثوليكية في الحسكة ونصيبين.

في تمام الساعة السادسة من مساء يوم السبت 22 حزيران 2013، احتفل غبطة أبينا البطريرك مار اغناطيوس يوسف الثالث يونان بطريرك السريان الأنطاكي الكلّي الطوبى، بالقداس الإلهي بمناسبة عيد مار أفرام السرياني، وذلك في دير مار أفرام الرغم ـ الشبانية، يعاونه سيادة المطران مار يوحنّا جهاد بطّاح النائب البطريركي العام على أبرشية بيروت البطريركية، والأباتي حنّا ياكو رئيس الرهبانية الأفرامية، والآباء الكهنة في الرهبانية، بحضور كهنة أبرشية بيروت، والراهبات الأفراميات، والجوق البطريركي، وجموع من المؤمنين من أبناء الرعايا في لبنان.

في تمام الساعة الخامسة من مساء يوم السبت 22 حزيران 2013، وبدعوة من بطريركيتي أنطاكية للسريان الأرثوذكس والروم الأرثوذكس، أقيمت صلاة مشتركة ترأسها قداسة البطريرك مار اغناطيوس زكّا الأوّل عيواص بطريرك أنطاكية وسائر المشرق للسريان الأرثوذكس، وغبطة البطريرك يوحنا العاشر يازجي بطريرك أنطاكية للروم الارثوذكس، وذلك على نية سلامة المطرانين المخطوفين في حلب: مار غريغوريوس يوحنا ابراهيم، وبولس يازجي، وإطلاق سراحهما مع سائر المخطوفين الآخرين من كهنة ومؤمنين، في دير سيّدة البلمند البطريركي للروم الأرثوذكس ـ شمال لبنان.

عند الساعة العاشرة والنصف من صباح يوم السبت 22 حزيران 2013، ترأس غبطة أبينا البطريرك مار اغناطيوس يوسف الثالث يونان بطريرك السريان الأنطاكي الكلي الطوبى، تطوافاً حبرياً تاريخياً بأيقونة سيدة النجاة التاريخية، هذه الأيقونة التي حملها المثلّث الرحمات البطريرك ميخائيل جروة معه من ماردين إلى دير الشرفة. وهي من المرّات النادرة جداً التي يتمّ فيها إخراج الأيقونة من مقامها الخاص في كابيلا معبد دير الشرفة.

على مدى جلستين تشاوريتين، التقى بعض آباء السينودس السرياني الأنطاكي المقدس في لقاءين بدعوة ورئاسة غبطة أبينا البطريرك مار اغناطيوس يوسف الثالث يونان بطريرك السريان الأنطاكي الكلّي الطوبى. عُقدت الجلسة الأولى يوم الجمعة 14 حزيران 2013 في بيت الرهبان الأفراميين في بقعاتا ـ عشقوت ـ كسروان، والثانية عُقدت يوم الجمعة 21 حزيران في دير الشرفة.